Publicado

2015-05-01

RNA-SEQ: A GLANCE AT TECHNOLOGIES AND METHODOLOGIES

DOI:

https://doi.org/10.15446/abc.v20n2.43639

Palabras clave:

HTS High Throughput Sequencing, NGS Next Generation Sequencing, RNA-Seq, transcriptome, gene expression (en)

Autores/as

  • Seyed Mehdi Jazayeri Colombian Oil Palm Research Center - Cenipalma
  • Luz Marina Melgarejo-Muñoz Universidad Nacional de Colombia
  • Hernán Mauricio Romero Universidad Nacional de Colombia

RNA Sequencing (RNA-Seq) is a newly born tool that has revolutionized the post-genomic era. The data produced by RNA-Seq, sequencing technologies and use of bioinformatics are exploding rapidly. In recent years, RNA-Seq has been the method of choice for profiling dynamic transcriptome taking advantage of high throughput sequencing technologies. RNA-Seq studies have shown the transcriptome magnitude, notion and complexity. From 2008, as its introduction year, the relevant reports on RNA-Seq have been multiplied by more than 2822 times just in 6 years. RNA-Seq also contributes a more accurate gene expression and transcript isoform estimation than other methods. Furthermore, some of the potential applications for RNA-Seq cannot be conducted by other methods and as yet are unique to RNA-Seq. As RNA-Seq approaches increase in speed and decrease in cost, more distinct researches are applied and become more common and accurate. RNA-Seq is a cross and interdisciplinary method that interconnects biology to other scientific topics. This article describes RNA-Seq approach, technologies, methodologies, implementation and methods done so far in characterizing and profiling transcriptomes.

RESUMEN

En los últimos años, la técnica RNA-Seq  ha tenido un desarrollo acelerado y se ha convertido en el método de elección para el estudio y la caracterización de los transcriptomas dinámicos, aprovechando las tecnologías de secuenciación de alto rendimiento. Estudios aplicando RNA-Seq han mostrado la magnitud, noción y complejidad del transcripotma. A partir de 2008, año de introducción de la técnica, los estudios con RNA-Seq se han multiplicados por más de 2822 veces sólo en 6 años. Al compararse con otros métodos, los estudios empleando RNA-Seq contribuyen a una estimación más precisa de la expresión génica y de las isoformas de los transcriptos. Además, algunas de las aplicaciones potenciales de RNA-Seq no se pueden llevar a cabo con otros métodos. El uso de RNA-Seq aumenta la velocidad de obtención de información y disminuye los costos, logrando con su uso, que investigaciones diversas se vuelvan más frecuentes y precisas. RNA-Seq es un método interdisciplinario que interconecta la biología a otros temas científicos. En este artículo se describe el planteamiento de la tecnología RNA-Seq, metodologías y los métodos realizados en la caracterización de transcriptomas.

Cómo citar

APA

Jazayeri, S. M., Melgarejo-Muñoz, L. M. y Romero, H. M. (2015). RNA-SEQ: A GLANCE AT TECHNOLOGIES AND METHODOLOGIES. Acta Biológica Colombiana, 20(2). https://doi.org/10.15446/abc.v20n2.43639

ACM

[1]
Jazayeri, S.M., Melgarejo-Muñoz, L.M. y Romero, H.M. 2015. RNA-SEQ: A GLANCE AT TECHNOLOGIES AND METHODOLOGIES. Acta Biológica Colombiana. 20, 2 (may 2015). DOI:https://doi.org/10.15446/abc.v20n2.43639.

ACS

(1)
Jazayeri, S. M.; Melgarejo-Muñoz, L. M.; Romero, H. M. RNA-SEQ: A GLANCE AT TECHNOLOGIES AND METHODOLOGIES. Acta biol. Colomb. 2015, 20.

ABNT

JAZAYERI, S. M.; MELGAREJO-MUÑOZ, L. M.; ROMERO, H. M. RNA-SEQ: A GLANCE AT TECHNOLOGIES AND METHODOLOGIES. Acta Biológica Colombiana, [S. l.], v. 20, n. 2, 2015. DOI: 10.15446/abc.v20n2.43639. Disponível em: https://revistas.unal.edu.co/index.php/actabiol/article/view/43639. Acesso em: 28 mar. 2024.

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Jazayeri, Seyed Mehdi, Luz Marina Melgarejo-Muñoz, y Hernán Mauricio Romero. 2015. «RNA-SEQ: A GLANCE AT TECHNOLOGIES AND METHODOLOGIES». Acta Biológica Colombiana 20 (2). https://doi.org/10.15446/abc.v20n2.43639.

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Jazayeri, S. M., Melgarejo-Muñoz, L. M. y Romero, H. M. (2015) «RNA-SEQ: A GLANCE AT TECHNOLOGIES AND METHODOLOGIES», Acta Biológica Colombiana, 20(2). doi: 10.15446/abc.v20n2.43639.

IEEE

[1]
S. M. Jazayeri, L. M. Melgarejo-Muñoz, y H. M. Romero, «RNA-SEQ: A GLANCE AT TECHNOLOGIES AND METHODOLOGIES», Acta biol. Colomb., vol. 20, n.º 2, may 2015.

MLA

Jazayeri, S. M., L. M. Melgarejo-Muñoz, y H. M. Romero. «RNA-SEQ: A GLANCE AT TECHNOLOGIES AND METHODOLOGIES». Acta Biológica Colombiana, vol. 20, n.º 2, mayo de 2015, doi:10.15446/abc.v20n2.43639.

Turabian

Jazayeri, Seyed Mehdi, Luz Marina Melgarejo-Muñoz, y Hernán Mauricio Romero. «RNA-SEQ: A GLANCE AT TECHNOLOGIES AND METHODOLOGIES». Acta Biológica Colombiana 20, no. 2 (mayo 1, 2015). Accedido marzo 28, 2024. https://revistas.unal.edu.co/index.php/actabiol/article/view/43639.

Vancouver

1.
Jazayeri SM, Melgarejo-Muñoz LM, Romero HM. RNA-SEQ: A GLANCE AT TECHNOLOGIES AND METHODOLOGIES. Acta biol. Colomb. [Internet]. 1 de mayo de 2015 [citado 28 de marzo de 2024];20(2). Disponible en: https://revistas.unal.edu.co/index.php/actabiol/article/view/43639

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CrossRef Cited-by

CrossRef citations8

1. Dongfang Zhao, Chunchun Zheng, Fengming Shi, Yabei Xu, Shixiang Zong, Jing Tao. (2021). Expression analysis of genes related to cold tolerance in Dendroctonus valens. PeerJ, 9, p.e10864. https://doi.org/10.7717/peerj.10864.

2. Jinlian Wei, Yongyun Li, Ruoxi Li, Xin Chen, Tiannuo Yang, Liang Liao, Yuqing Xie, Jin Zhu, Fei Mao, Renbing Jia, Xiaofang Xu, Jian Li. (2023). Drug repurposing of propafenone to discover novel anti-tumor agents by impairing homologous recombination to delay DNA damage recovery of rare disease conjunctival melanoma. European Journal of Medicinal Chemistry, 250, p.115238. https://doi.org/10.1016/j.ejmech.2023.115238.

3. Dwijesh Chandra Mishra, Sayanti Guha Majumdar, Neeraj Budhlakoti, Anuj Kumar, Krishna Kumar Chaturvedi. (2022). Thermotolerance in Crop Plants. , p.237. https://doi.org/10.1007/978-981-19-3800-9_11.

4. Grace N. Ijoma, Sylvie M. Heri, Tonderayi S. Matambo, Memory Tekere. (2021). Trends and Applications of Omics Technologies to Functional Characterisation of Enzymes and Protein Metabolites Produced by Fungi. Journal of Fungi, 7(9), p.700. https://doi.org/10.3390/jof7090700.

5. Perla Novais de Oliveira, Fernando Matias, Esteban Galeano, Helaine Carrer. (2021). The Teak Genome. Compendium of Plant Genomes. , p.253. https://doi.org/10.1007/978-3-030-79311-1_16.

6. Ahmad Sobhani Najafabadi, Mohammad Reza Naghavi, Hamid Farahmand, Alireza Abbasi. (2017). Transcriptome and metabolome analysis of Ferula gummosa Boiss. to reveal major biosynthetic pathways of galbanum compounds. Functional & Integrative Genomics, 17(6), p.725. https://doi.org/10.1007/s10142-017-0567-7.

7. Yuanlang Wang, Wei Zhang, Xudong Wu, Chaodong Wu, Li Qian, Li Wang, Xiaodong Zhang, Min Yang, Dengtao Li, Jian Ding, Chonglong Wang, Zongjun Yin, Yueyun Ding. (2020). Transcriptomic comparison of liver tissue between Anqing six-end-white pigs and Yorkshire pigs based on RNA sequencing. Genome, 63(4), p.203. https://doi.org/10.1139/gen-2019-0105.

8. Shalini P. Etukuri, Varsha C. Anche, Mirzakamol S. Ayubov, Lloyd T. Walker, Venkateswara R. Sripathi. (2022). Cotton. https://doi.org/10.5772/intechopen.104572.

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