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DETECCIÓN Y CARACTERIZACIÓN MOLECULAR DEL POTATO VIRUS B (PVB) EN CULTIVOS DE PAPA CRIOLLA (Solanum phureja) EN ANTIOQUIA
DETECTION AND MOLECULAR CHARACTERIZATION OF POTATO VIRUS B (PVB) IN Solanum phureja CROPS IN ANTIOQUIA
DOI:
https://doi.org/10.15446/abc.v27n2.89422Palabras clave:
Fitopatología, Nepovirus, secuenciación de nueva generación, PCR en tiempo real, virus de plantas. (es)Nepovirus, next generation sequencing, phytopathology, plant virus, real time PCR (en)
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La papa criolla (Solanum phureja Juz. & Bukasov) es uno de los principales productos agrícolas de la región Andina de Colombia. Su siembra ocurre principalmente en pequeñas parcelas con deficiencias técnicas y bajos rendimientos. Las enfermedades de origen viral son una de las principales limitantes de este cultivo, siendo los virus PYVV, PVS, PLRV y PVV algunos de los más importantes. El nivel de conocimiento que se tiene del viroma de la papa criolla en Colombia es incipiente. En este estudio utilizando técnicas moleculares como secuenciación de alto rendimiento (HTS) y RT-PCR en tiempo real (RT-qPCR), a partir de muestras de tejido foliar de plantas procedentes de diferentes lotes de papa criolla en Antioquia (Colombia), se detectó por primera vez para el país la infección del Potato virus B (PVB), un nepovirus hasta ahora sólo registrado en Perú. Mediante análisis bioinformáticos fue posible el ensamblaje de la mayor parte del genoma de PVB, consistente de dos segmentos de 7.126 nt (ARN1) y 4.298 nt (ARN2) que codifican para dos poliproteínas (P1 y P2). Con las secuencias obtenidas se diseñaron primers específicos para la detección del PVB por RT-qPCR y RT-PCR convencional. Los resultados indicaron niveles medios de prevalencia (35%) del PVB en los cultivos de papa criolla evaluados y su ausencia en las 20 muestras evaluadas de S. tuberosum var. Diacol-Capiro. Con las técnicas aquí empleadas, se sugiere el establecimiento de un programa de seguimiento epidemiológico de PVB en Colombia y otros países andinos.
Papa criolla (Solanum phureja Juz. & Bukasov) is one of the most important agricultural products in the Colombian Andean region. S. phureja is usually cultivated in smalls plots using low-yield farm techniques. Viral diseases, mostly caused by PYVV, PVS, PLRV and PVV, are one of most important factors that hinder the productivity of this crop, however, our knowledge of the S. phureja virome in Colombia is incipient still. In this study we present the first report of a natural infection with Potato virus B (PVB), a nepovirus only reported in Peru. PVB was detected in leaf samples from different S. phureja plots in Antioquia (Colombia) using high-throughput sequencing (HTS) and real time RT-PCR (RT-qPCR). The assembled PVB genome comprised two segments of 7126 nt (ARN-1) and 4298 nt (ARN-2) coding for polyproteins P1 and P2. Genome sequences were used to design PVB-specific primers for RT-PCR and RT-qPCR. PVB was found in 35% of S. phureja samples but was not detected in S. tuberosum var. Diacol-Capiro samples. The methods used in this study could be useful in PVB surveillance programs in Colombia and other Andean countries.
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