Publicado

2006-01-01

Análisis bioinformático y predicción de genes en secuencias genómicas de Clostridium sp. IBUN22A

Bioinformatic analysis and gene prediction in genomic sequences from Clostridium sp. IBUN22A

Palabras clave:

análisis de secuencias, librería genómica, Clostridium, glicerol deshidratasa, 1,3-propanodiol, glycerol dehydratase, 1,3-propanediol, genomic library, sequence analysis (es)

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Autores/as

  • José David Montoya Solano QFUN
  • Zulma Rocío Suárez Moreno QFUN. MSc. Microbiología.
  • Dolly Montoya Castaño QFUN. MSc. PhD.
  • Fabio Ancízar Aristizábal Gutiérrez QFUN. PhD.
Este trabajo tuvo como propósito identificar secuencias de genes en clones obtenidos en una librería genómica de la cepa colombiana de Clostridium sp. IBUN 22A. Los insertos de nueve clones con tamaæos superiores a 500 pb fueron secuenciados y analizados por medio de bÅ“squedas de los insertos completos o de sus marcos abiertos de lectura (ORFs) traducidos en GenBank 141.0 y Uniprot 6.6 con BLAST 2.2.8. Se identificaron seis genes con alta similaridad a genes de metabolismo bÆsico (housekeeping) en diferentes especies de Clostridium. En el clon pBsIBUN22A-1 se localizó una secuencia de 851 pb con una identidad del 99.74% respecto al gen codificante de la enzima glicerol deshidratasa (DhaBl) de Clostridium butyricum (AY968605) involucrada en la producción de 1,3 Propanodiol (1,3-PD). La identifica­ción de genes presentes en la cepa nativa Clostridium IBUN 22A abre la puerta a la investigación básica y a la ingeniería metabólica para hacer más rentable el proceso de producción de 1,3-PD junto al conocimiento de los genes presentes en la cepa nativa. Palabras clave: análisis de secuencias, librería genómica, Clostridium, glicerol deshidratasa, 1,3-propanodiol.
This work was aimed at identifying gene sequences in recombinant clones obtained from a genomic library from the Colombian Clostridium sp. IBUN 22A native strain. Nine clones greater than 500 bp were sequenced and analysed using BLAST 2.2.8 to search for complete inserts or their translated open reading frames (ORFs) in GenBank 141.0 and Uniprot 6.6. Seven genes having high similarity to housekeeping genes from different Clostridium species were identified. An 851 bp sequence was located in the pBsIBUN22A-1 clone, having 99.74% identity with the gene encoding the Clostridium butyricum enzyme glycerol dehydratase (DhaBl) which is involved in 1,3-propanediol (1,3-PD) production. Identifying genes in the native IBUN 22A strain formed the starting point for basic research and metabolic engineering aimed at making 1,3-PD production more profitable and increasing knowledge of genes present in the native strain. Key words: glycerol dehydratase, 1,3-propanediol, genomic library, Clostridium, sequence analysis.

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