Identificación genética-molecular de microorganismos en silos de maíz nativo

Genetic-molecular identification of microorganisms in native maize silage

La identificación de microorganismos en ensilado de maíz (Zea mays L.) nativo de México es importante como indicador de inocuidad. El objetivo del estudio fue describir los microorganismos presentes durante el proceso de ensilado de 3 variedades de maíz: criollo carrillo puerto, crema carrillo puerto y criollo Amatlán. Se realizaron aislamientos bacterianos y fungosos en cajas Petri con diferentes medios de cultivo, de los 10 silos de cada variedad, a partir de muestreos semanales. Para el caso de bacterias, se amplificó la subunidad pequeña del rDNA con los iniciadores de amplificación (8F/1492R) y secuenciación (518F/800R) mediante reacción en cadena de la polimerasa (PCR); y para el caso de hongos se amplificó mediante PCR el espacio transcrito interno del rDNA con los iniciadores de amplificación y secuenciación (ITS5/ITS4). En el GenBank se identificó la cantidad de bases, el porcentaje de cobertura y la identidad. Con las secuencias se construyó un árbol filogenético para establecer las relaciones genéticas usando el software Molecular Evolutionary Genetics Analysis. Los microrganismos genéticamente identificados se agruparon en el árbol filogenético como: hongos (Penicillium steckii y Aspergillus nonius con Meyerozyma guilliermondii), lactobacilos (Levilactobacillus brevis 1 y 2 con mutación) y un complejo parasitario (Pichia occidentalis), los cuales formaron grupos independientes. La presencia de los microorganismos en los silos de maíz nativo evaluados, podrían representar un riesgo de inocuidad, que se disminuye al deshidratar el silo antes de ofrecerse como alimento al ganado.

Identifying the microorganisms in native Mexican corn silage is important for safety indicator. The objective of this study was to describe the microorganisms present during the ensiling process of 3 corn varieties: Criollo Carrillo Puerto, Crema Carrillo Puerto, and Criollo Amatlán. Bacterial and fungal isolates were obtained from 10 silos of each variety in Petri dishes containing various culture media based on weekly samples. The small subunit of rDNA was amplified using polymerase chain reaction (PCR) with amplification primers (8F/1492R) and sequencing primers (518F/800R) for bacteria, and the internal transcribed spacer of rDNA was amplified using PCR with amplification and sequencing primers (ITS5/ITS4) for fungi. The number of bases, percentage coverage, and identity were identified in GenBank. A phylogenetic tree was constructed from the sequences using Molecular Evolutionary Genetics Analysis software to establish genetic relationships. The genetically identified microorganisms were grouped 3 categories: fungi (Penicillium steckii and Aspergillus nonius with Meyerozyma guilliermondii), lactobacilli (Levilactobacillus brevis 1 and 2, which have mutations), and a parasitic complex (Pichia occidentalis). The presence of these microorganisms in the evaluated native corn silos represents a food safety risk, which can be mitigated by dehydrating the silo before feeding it to livestock.