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ASSESSMENT OF GENETIC DIVERSITY OF Solanum lycopersicum var. cerasiforme IN VERACRUZ, MEXICO
Evaluación de la diversidad genética de Solanum lycopersicum var. cerasiforme en Veracruz, México
DOI:
https://doi.org/10.15446/abc.v29n3.108548Palabras clave:
Genetic resources, Genetic variation, repetitive DNA (en)ADN repetitivo, recursos genéticos, variación genética (es)
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Solanum lycopersicum var. cerasiforme is widely distributed in Veracruz, Mexico, and represents genetic material that must be evaluated as a genetic pool of groups of tomato plants that can be used in a management program. The objective of the study was to evaluate the genetic diversity of S. l. var. cerasiforme from 12 sites in the state of Veracruz, Mexico, using SSR markers. DNA was extracted from the leaf tissue of tomato plants from 12 sites of occurrence and their genetic diversity was evaluated using 14 SSR markers, amplified with the polymerase chain reaction technique, and visualized in polyacrylamide gels. Genetic diversity and structure were with POPgene, FSTAT, GenAlex, STRUCTURE, and STRUCTURE Harvester software. With 73.74 % Polymorphic Information Content, the observed heterozygosity (Ho=0.2251) was lower than the heterozygosity within, between groups, and the total, an indicator of low genetic diversity, due to the high genetic differentiation coefficient (GST=0.743) The genetic differentiation index indicated 35 % differentiation (Fst= 0.655), with a low differentiation coefficient between (Fis= 0.209) and within groups (Fit= 0.727). In the dendrogram, four main groups and four subgroups were formed, related based on geographic-genetic distance. The groups of tomato plants showed genetic differentiation and may constitute valuable germplasm for genetic diversity management programs.
Solanum lycopersicum var. cerasiforme se encuentra ampliamente distribuido en Veracruz, México y representa material genético que debe ser evaluado como un acervo genético para su conservación y su mejoramiento. Sin embargo, no existe información sobre el pool genético de grupos de plantas de tomate silvestre que pueda ser utilizado en un programa de manejo. El objetivo del estudio fue evaluar la diversidad genética de Solanum lycopersicum var. cerasiforme de 12 sitios del estado de Veracruz, México utilizando marcadores SSR. Se extrajo ADN de tejido foliar de plantas de tomate de 12 sitios de ocurrencia y se evaluó su diversidad genética utilizando 14 marcadores SSR, amplificados con la técnica de reacción en cadena de la polimerasa y visualizados en geles de poliacrilamida. La diversidad y estructura genética se evaluó con los softwares POPgene, FSTAT, GenAlex, STRUCTURE y STRUCTURE Harvester. Con un 73,74 % de Contenido de Información Polimórfica, la heterocigosidad observada (Ho=0,2251) fue menor a la heterocigosidad dentro, entre grupos y a la total; indicador de baja diversidad génica, debida al alto coeficiente de diferenciación genética (GST=0,743). El índice de diferenciación genética indicó un 35 % de diferenciación (Fst= 0,655), con un bajo coeficiente de diferenciación entre (Fis= 0,209) y dentro de grupos (Fit= 0,727). En el dendograma se formaron cuatro grupos principales y cuatro subgrupos, relacionados con base en la distancia geográfica-genética. Los grupos de plantas tomate mostraron diferenciación genética y pueden constituir germoplasma valioso para programas de manejo de la diversidad genética.
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