Estandarización y evaluación de tres sistemas de rep-PCR para la tipificación de Klebsiella pneumoniae

Standardization and evaluation of three rep-PCR systems for typefication of Klebsiella pneumoniae

Para la tipificación de K. pneumoniae se evaluaron los resultados de tres variantes de la técnica de amplificación de secuencias repetidas (rep-PCR) comparándolos con los resultados de la tipificación con electroforesis en gel de campos pulsados (PFGE). Se analizaron dos poblaciones de K. pneumoniae: una constituida por aislamientos causantes de infección nosocomial, recolectados durante un año en un hospital de tercer nivel y otra asociada a un brote intrahospitalario en una unidad de cuidado intensivo neonatal. La tipificación por PFGE se realizó con macrofragmentos obtenidos con Xbal. La rep-PCR se realizó con tres conjuntos de iniciadores correspondientes a las secuencias, BOX, ERIC y REP. Todos los aislamientos fueron tipificables por los tres sistemas rep-PCR y fueron discriminados de manera similar a lo obtenido con PFGE (D = 0.978). El buen poder discriminatorio (D = 0.974) obtenido con los procedimientos rep-PCR estandarizados permite sugerir el empleo de REP-PCR y BOX-PCR para tipificación rápida de aislamientos de K. pneumoniae, aplicada a estudios de epidemiología molecular de la infección nosocomial.

The results of three variations of the repeated sequence (rep-PCR) amplification technique for typing K. pneumoniae were evaluated by comparing them with the results of pulsed field gel electrophoresis (PFGE) typing. Two K. pneumoniae populations were analysed; one was constituted by isolates causing nosocomial infection, collected throughout a year from a third-level hospital and the other was associated with an intra-hospital outbreak in a neonatal intensive-care unit. PFGE typing was done with macro-fragments obtained with XbaI. Rep-PCR was done with three sets of primers corresponding to BOX, ERIC and REP sequences. All isolates were typable by all three rep-PCR systems and were discriminated similarly to results obtained with PFGE (D = 0.978). The good discriminatory power (D = 0.974) obtained with standardised rep-PCR procedures leads to the suggestion that using REP-PCR and BOX-PCR for rapid typing of K. pneumoniae isolates can be applied to molecular epidemiology studies of nosocomial infection.