Publicado

2017-05-01

Condiciones para el análisis electrofóretico de proteínas apoplásticas de tallos y raíces de clavel (Dianthus caryophyllus L) para estudios proteómicos

Electrophoretic conditions for analysis of apoplastic proteins in stems and roots of carnation (Dianthus caryophyllus L) for proteomic studies

DOI:

https://doi.org/10.15446/rev.colomb.quim.v46n2.62958

Palabras clave:

Fluido apoplástico, Fusarium oxysporum f. sp. Dianthi, planta patógeno, electroforesis (es)
Apoplastic fluid, Fusarium oxysporum f. sp dianthi, plant-pathogen, electrophoresis (en)

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Autores/as

  • Ana Patricia Martinez Gonzalez Universidad Nacional de Colombia
  • Sixta Tulia Martínez Peralta Universidad Nacional de Colombia
  • Harold Dubán Ardila Barrantes Universidad Nacional de Colombia

En el presente estudio se describe un flujo de trabajo que puede ser aplicado a diferentes especies vegetales, con el fin de obtener extractos apoplásticos que puedan ser usados para análisis proteómicos. Para ello, usando tallos y raíces de clavel, se evaluaron parámetros claves para la extracción de estas proteínas. Se determinó que para esta especie (Dianthus caryophyllus L) se debe usar la solución amortiguadora fosfato de sodio 0,1 M pH 6,5, cloruro de sodio 50 mM y 0,1% β-mercaptoetanol para la infiltración; con tres tiempos
de vacío de 20 s a 70 kPa y centrifugación a 1000 x g durante 20 min a 4 ºC, seguido de precipitación y concentración de proteínas con el método (TCA-Ácido tricloroacético)/acetona. Bajo estas condiciones, se obtienen extractos que permiten análisis electroforéticos en 2D de proteínas de apoplasto, usando para el isolectroenfoque tiras con gradientes de pH 5-8 para raíz y pH 3-10 para tallo. Las condiciones
descritas permitirán profundizar sobre el papel de las proteínas apoplásticas en diversidad de fenómenos biológicos que involucren
esta especie vegetal.

In the present study a workflow, that can be applied to different plant species, to obtain a high quality apoplastic extract and for prote-omic analysis was described. For that, using carnation roots and stems, some important parameters for the extraction of these proteins were evaluated. The best conditions for the infiltration were provided by using a sodium phosphate buffer pH 6.5 0.1 M, sodium chlo-ride 50 mM and β-mercaptoethanol 0.1%, with 3 vacuum times at 70 kPa for 20 s and centrifuged at 4°C at 1,000 g for 20 min, and then a subsequent protein precipitation and concentration with the (TCA-Trichloroacetic acid)/acetone protocol. These conditions can be used to obtain a good quality extract for 2D electrophoretic analysis of apoplastic proteins. Strips with pH gradients between 5-8 and 3-10 were used to run isoelectric analysis for extracts obtained from apoplast in roots and stems respectively. The conditions de-scribed can be used to perform studies focused to apoplastic proteins and its role in biological phenomena involving this plant species.

 

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A. P. Martinez Gonzalez, S. T. Martínez Peralta, y H. D. Ardila Barrantes, «Condiciones para el análisis electrofóretico de proteínas apoplásticas de tallos y raíces de clavel (Dianthus caryophyllus L) para estudios proteómicos», Rev. Colomb. Quim., vol. 46, n.º 2, pp. 5–16, may 2017, doi: 10.15446/rev.colomb.quim.v46n2.62958.

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